当駅は、1面2線の島式ホームとなっている。湯島以北北千住以南は上下2層のトンネルになっているためその区間で事故が起こると、この駅で折り返しがなされることになる。
　湯島駅は銀座線上野広小路駅、東北本線御徒町駅に程近い。